Bürgermeister Otto von Guericke hatte sich als Abgesandter Magdeburgs auf den Friedenskongressen in Münster und Osnabrück und auf Reichstagen für die Wiederherstellung alter Vorrechte und städtische Unabhängigkeit eingesetzt. Doch 1666 übernahm Friedrich Wilhelm von Brandenburg, der Große Kurfürst, die Vorherrschaft über die Altstadt Magdeburg. Er ließ Truppen in das Erzstift einmarschieren, und unter Androhung von militärischer Gewalt mussten die Magdeburger im Vertrag von Kloster Berge eine Garnison hinnehmen. Nach dem Ableben des sächsischen Administrators August 1680 wurde der brandenburgische Anspruch auf Stadt und Erzstift auch rechtlich eingelöst.

Magdeburg profitierte von der kameralistischen Wirtschaftspolitik des neuen Landesherrn. Der Kurfürst förderte die Ansiedlung französischer Glaubens-flüchtlinge, die mit den Produkten der Textilmanufakturen oder des Tabakanbaus neue Einnahmequellen erschlossen. Sein Hauptinteresse galt jedoch dem Ausbau Magdeburgs zu einem Eckpfeiler der Landes-verteidigung. Schon 1680 begann der Bau einer mächtigen Zitadelle auf dem Werder.

Dem Fürsten Leopold von Anhalt-Dessau, 1701 zum Gouverneur von Magdeburg ernannt und bis 1747 im Amt, gelang eine überzeugende Verbindung zwischen der städtischen Befestigung und der städtischen Erneuerung. Festungsbaumeister Cornelius Wallrave schuf eine weitausgreifende zweite Umwallung. Im Süden der Stadt entstand
ein neuer Festungsbau auf dem Gelände des Klosters Berge, der vierzackige „Stern“. Das Gebiet der Altstadt war nun von einem fast doppelt so großen Festungsgelände umgeben.

Die Ingenieur-Offiziere waren jedoch auch an dem Ausbau Magdeburgs zur barocken Bürgerstadt beteiligt. Baumeister Heinrich Schmutze entwarf nach italienischen Vorbildern das 1713 vollendete Rathaus, Festungsbauer Preußer schuf bis 1731 einen dreistöckigen Packhof mit repräsentativer Barockfassade an der Elbe, und am Neuen Markt bildeten die Schauseiten herrschaftlicher Häuser einen umbauten Residenzplatz.

Franzosenzeit und Befreiungskriege

Unter dem Ansturm Napoleons auf die Vorherrschaft in Europa legte Kaiser Franz II. 1806 als letzter Monarch des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation die Kaiserwürde nieder. In Magdeburg entschloss sich Gouverneur Franz Kasimir von Kleist zur kampflosen Übergabe. Der Widerstand gegen die französische Besetzung entfachte jedoch bald neue patriotische Begeisterung. 1813 errangen preußische Truppen und deren Verbündete in der Völkerschlacht von Leipzig den vorentscheidenden Sieg.